spades

SPAdes

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SPAdes - iterative short-read genome assembly module; values of K are selected automatically based on the read length and data set type.

Documentation : https://github.com/ablab/spades

Citation : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3342519/

Directory tree:

spades/
├── sample
│   ├── assembly_graph_after_simplification.gfa
│   ├── assembly_graph.fastg
│   ├── assembly_graph_with_scaffolds.gfa
│   ├── before_rr.fasta
│   ├── contigs.fasta
│   ├── contigs.paths
│   ├── dataset.info
│   ├── input_dataset.yaml
│   ├── K127
│   │   ├── assembly_graph_after_simplification.gfa
│   │   ├── assembly_graph.fastg
│   │   ├── assembly_graph_with_scaffolds.gfa
│   │   ├── before_rr.fasta
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final_contigs.fasta
│   │   ├── final_contigs.paths
│   │   ├── final.lib_data
│   │   ├── path_extend
│   │   ├── scaffolds.fasta
│   │   └── scaffolds.paths
│   ├── K21
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final.lib_data
│   │   └── simplified_contigs
│   │       ├── contigs_info
│   │       ├── contigs.off
│   │       └── contigs.seq
│   ├── K33
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final.lib_data
│   │   └── simplified_contigs
│   │       ├── contigs_info
│   │       ├── contigs.off
│   │       └── contigs.seq
│   ├── K55
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final.lib_data
│   │   └── simplified_contigs
│   │       ├── contigs_info
│   │       ├── contigs.off
│   │       └── contigs.seq
│   ├── K77
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final.lib_data
│   │   └── simplified_contigs
│   │       ├── contigs_info
│   │       ├── contigs.off
│   │       └── contigs.seq
│   ├── K99
│   │   ├── configs
│   │   │   ├── careful_mda_mode.info
│   │   │   ├── careful_mode.info
│   │   │   ├── config.info
│   │   │   ├── construction.info
│   │   │   ├── detail_info_printer.info
│   │   │   ├── distance_estimation.info
│   │   │   ├── hmm_mode.info
│   │   │   ├── isolate_mode.info
│   │   │   ├── large_genome_mode.info
│   │   │   ├── mda_mode.info
│   │   │   ├── meta_mode.info
│   │   │   ├── metaplasmid_mode.info
│   │   │   ├── metaviral_mode.info
│   │   │   ├── moleculo_mode.info
│   │   │   ├── pe_params.info
│   │   │   ├── plasmid_mode.info
│   │   │   ├── rna_mode.info
│   │   │   ├── rnaviral_mode.info
│   │   │   ├── simplification.info
│   │   │   ├── toy.info
│   │   │   └── tsa.info
│   │   ├── final.lib_data
│   │   └── simplified_contigs
│   │       ├── contigs_info
│   │       ├── contigs.off
│   │       └── contigs.seq
│   ├── misc
│   │   └── broken_scaffolds.fasta
│   ├── params.txt
│   ├── pipeline_state
│   │   ├── stage_0_before_start
│   │   ├── stage_10_bs
│   │   ├── stage_11_terminate
│   │   ├── stage_1_as_start
│   │   ├── stage_2_k21
│   │   ├── stage_3_k33
│   │   ├── stage_4_k55
│   │   ├── stage_5_k77
│   │   ├── stage_6_k99
│   │   ├── stage_7_k127
│   │   ├── stage_8_copy_files
│   │   └── stage_9_as_finish
│   ├── run_spades.sh
│   ├── run_spades.yaml
│   ├── scaffolds.fasta
│   ├── scaffolds.paths
│   ├── spades.log
│   └── tmp
└── SRR7889058
    ├── assembly_graph_after_simplification.gfa
    ├── assembly_graph.fastg
    ├── assembly_graph_with_scaffolds.gfa
    ├── before_rr.fasta
    ├── contigs.fasta
    ├── contigs.paths
    ├── dataset.info
    ├── input_dataset.yaml
    ├── K127
    │   ├── assembly_graph_after_simplification.gfa
    │   ├── assembly_graph.fastg
    │   ├── assembly_graph_with_scaffolds.gfa
    │   ├── before_rr.fasta
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final_contigs.fasta
    │   ├── final_contigs.paths
    │   ├── final.lib_data
    │   ├── path_extend
    │   ├── scaffolds.fasta
    │   └── scaffolds.paths
    ├── K21
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final.lib_data
    │   └── simplified_contigs
    │       ├── contigs_info
    │       ├── contigs.off
    │       └── contigs.seq
    ├── K33
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final.lib_data
    │   └── simplified_contigs
    │       ├── contigs_info
    │       ├── contigs.off
    │       └── contigs.seq
    ├── K55
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final.lib_data
    │   └── simplified_contigs
    │       ├── contigs_info
    │       ├── contigs.off
    │       └── contigs.seq
    ├── K77
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final.lib_data
    │   └── simplified_contigs
    │       ├── contigs_info
    │       ├── contigs.off
    │       └── contigs.seq
    ├── K99
    │   ├── configs
    │   │   ├── careful_mda_mode.info
    │   │   ├── careful_mode.info
    │   │   ├── config.info
    │   │   ├── construction.info
    │   │   ├── detail_info_printer.info
    │   │   ├── distance_estimation.info
    │   │   ├── hmm_mode.info
    │   │   ├── isolate_mode.info
    │   │   ├── large_genome_mode.info
    │   │   ├── mda_mode.info
    │   │   ├── meta_mode.info
    │   │   ├── metaplasmid_mode.info
    │   │   ├── metaviral_mode.info
    │   │   ├── moleculo_mode.info
    │   │   ├── pe_params.info
    │   │   ├── plasmid_mode.info
    │   │   ├── rna_mode.info
    │   │   ├── rnaviral_mode.info
    │   │   ├── simplification.info
    │   │   ├── toy.info
    │   │   └── tsa.info
    │   ├── final.lib_data
    │   └── simplified_contigs
    │       ├── contigs_info
    │       ├── contigs.off
    │       └── contigs.seq
    ├── misc
    │   └── broken_scaffolds.fasta
    ├── params.txt
    ├── pipeline_state
    │   ├── stage_0_before_start
    │   ├── stage_10_bs
    │   ├── stage_11_terminate
    │   ├── stage_1_as_start
    │   ├── stage_2_k21
    │   ├── stage_3_k33
    │   ├── stage_4_k55
    │   ├── stage_5_k77
    │   ├── stage_6_k99
    │   ├── stage_7_k127
    │   ├── stage_8_copy_files
    │   └── stage_9_as_finish
    ├── run_spades.sh
    ├── run_spades.yaml
    ├── scaffolds.fasta
    ├── scaffolds.paths
    ├── spades.log
    ├── tmp
    └── warnings.log

contigs.fasta is used for downstream analyses.