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panaroo
Young edited this page Feb 23, 2024
·
2 revisions
panaroo
About: |
An updated pipeline for pangenome investigation
Documentation : https://github.com/gtonkinhill/panaroo
Citation : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32698896/
Directory tree:
panaroo/
├── aligned_gene_sequences
│ ├── aceF.aln.fas
│ ├── acpP_2~~~acpP_1.aln.fas
│ ├── aguA~~~aguA_1.aln.fas
│ ├── alx.aln.fas
│ ├── aroH.aln.fas
│ ├── atoC_2~~~atoC_1.aln.fas
│ ├── atpA.aln.fas
│ ├── atpB.aln.fas
│ ├── atpC.aln.fas
│ ├── atpD1.aln.fas
│ ├── atpF.aln.fas
│ ├── atpG.aln.fas
│ ├── atpH_1~~~atpH_2.aln.fas
│ ├── atpH_2~~~atpH_1.aln.fas
│ ├── bamB_1~~~bamB.aln.fas
│ ├── bamD.aln.fas
│ ├── bepA_2~~~bepA_4~~~loiP.aln.fas
│ ├── bfr_2~~~bfr_1.aln.fas
│ ├── birA.aln.fas
│ ├── btuB_7~~~btuB_24~~~btuB_5~~~btuB_22.aln.fas
│ ├── clpA.aln.fas
│ ├── clp.aln.fas
│ ├── clpB.aln.fas
│ ├── clpS.aln.fas
│ ├── clsA_1~~~clsA_2.aln.fas
│ ├── clsA_2~~~clsA_1.aln.fas
│ ├── cmk.aln.fas
│ ├── coaE.aln.fas
│ ├── coq7.aln.fas
│ ├── ddlB.aln.fas
│ ├── der.aln.fas
│ ├── dgkA~~~dgkA_2~~~dgkA_1.aln.fas
│ ├── djlA.aln.fas
│ ├── dnaA.aln.fas
│ ├── dnaG_2~~~dnaG~~~dnaG_1.aln.fas
│ ├── dnaN.aln.fas
│ ├── dsbB.aln.fas
│ ├── dusA.aln.fas
│ ├── epmA.aln.fas
│ ├── epsF_2~~~epsF_3.aln.fas
│ ├── erpA.aln.fas
│ ├── estP~~~estA.aln.fas
│ ├── exbD_2~~~exbD_5.aln.fas
│ ├── exbD_3~~~exbD_6~~~exbD_1.aln.fas
│ ├── fabD~~~fabD_1.aln.fas
│ ├── fabF_2~~~fabF.aln.fas
│ ├── fabG_4~~~fabG_3.aln.fas
│ ├── fabH.aln.fas
│ ├── fadA.aln.fas
│ ├── fadN.aln.fas
│ ├── folB.aln.fas
│ ├── folD.aln.fas
│ ├── ftsA_1.aln.fas
│ ├── ftsI.aln.fas
│ ├── ftsL.aln.fas
│ ├── ftsQ.aln.fas
│ ├── ftsW.aln.fas
│ ├── ftsZ.aln.fas
│ ├── gatA.aln.fas
│ ├── gdx_2~~~gdx_1.aln.fas
│ ├── glmU_2~~~glmU.aln.fas
│ ├── glpK.aln.fas
│ ├── glpQ.aln.fas
│ ├── gltA.aln.fas
│ ├── gmk.aln.fas
│ ├── group_1127.aln.fas
│ ├── group_1156.aln.fas
│ ├── group_1208.aln.fas
│ ├── group_1209.aln.fas
│ ├── group_1228.aln.fas
│ ├── group_128.aln.fas
│ ├── group_129.aln.fas
│ ├── group_1366.aln.fas
│ ├── group_1378.aln.fas
│ ├── group_1382.aln.fas
│ ├── group_1383.aln.fas
│ ├── group_1384.aln.fas
│ ├── group_1386.aln.fas
│ ├── group_1387.aln.fas
│ ├── group_1422.aln.fas
│ ├── group_1460.aln.fas
│ ├── group_1481.aln.fas
│ ├── group_1574.aln.fas
│ ├── group_1579.aln.fas
│ ├── group_1596.aln.fas
│ ├── group_1607.aln.fas
│ ├── group_1752.aln.fas
│ ├── group_1758.aln.fas
│ ├── group_1767.aln.fas
│ ├── group_18.aln.fas
│ ├── group_1993.aln.fas
│ ├── group_2030.aln.fas
│ ├── group_2039.aln.fas
│ ├── group_2043.aln.fas
│ ├── group_2045.aln.fas
│ ├── group_2201.aln.fas
│ ├── group_2213.aln.fas
│ ├── group_2215.aln.fas
│ ├── group_2218.aln.fas
│ ├── group_2239.aln.fas
│ ├── group_2261.aln.fas
│ ├── group_22.aln.fas
│ ├── group_2347.aln.fas
│ ├── group_2377.aln.fas
│ ├── group_2378.aln.fas
│ ├── group_2385.aln.fas
│ ├── group_2455.aln.fas
│ ├── group_2468.aln.fas
│ ├── group_2479.aln.fas
│ ├── group_2480.aln.fas
│ ├── group_2504.aln.fas
│ ├── group_2506.aln.fas
│ ├── group_2517.aln.fas
│ ├── group_2521.aln.fas
│ ├── group_2525.aln.fas
│ ├── group_2536.aln.fas
│ ├── group_2538.aln.fas
│ ├── group_2547.aln.fas
│ ├── group_2555.aln.fas
│ ├── group_2557.aln.fas
│ ├── group_2565.aln.fas
│ ├── group_2678.aln.fas
│ ├── group_27.aln.fas
│ ├── group_720.aln.fas
│ ├── group_84.aln.fas
│ ├── group_875.aln.fas
│ ├── gtaB.aln.fas
│ ├── guaA.aln.fas
│ ├── guaB.aln.fas
│ ├── gyrA.aln.fas
│ ├── gyrB.aln.fas
│ ├── hflD.aln.fas
│ ├── ihfA.aln.fas
│ ├── ihfB.aln.fas
│ ├── infA.aln.fas
│ ├── infB.aln.fas
│ ├── infC.aln.fas
│ ├── kbl.aln.fas
│ ├── lapB_2~~~lapB.aln.fas
│ ├── ligA~~~ligA_2.aln.fas
│ ├── lolD_1~~~lolD_2.aln.fas
│ ├── lpxC.aln.fas
│ ├── mdh.aln.fas
│ ├── metF.aln.fas
│ ├── metQ.aln.fas
│ ├── mltG.aln.fas
│ ├── mnhC1.aln.fas
│ ├── mnhE1.aln.fas
│ ├── mnmA.aln.fas
│ ├── mnmE.aln.fas
│ ├── mprA.aln.fas
│ ├── mraY.aln.fas
│ ├── mraZ.aln.fas
│ ├── mrpA.aln.fas
│ ├── mrpD.aln.fas
│ ├── mrpF.aln.fas
│ ├── mrpG.aln.fas
│ ├── mtfA.aln.fas
│ ├── mtnA.aln.fas
│ ├── murC.aln.fas
│ ├── murE.aln.fas
│ ├── murF.aln.fas
│ ├── murG.aln.fas
│ ├── murR.aln.fas
│ ├── nadE.aln.fas
│ ├── ndhC.aln.fas
│ ├── ndhJ.aln.fas
│ ├── ndk.aln.fas
│ ├── nqo2.aln.fas
│ ├── nqo3.aln.fas
│ ├── nudC_1~~~nudC.aln.fas
│ ├── nudJ.aln.fas
│ ├── nuoB.aln.fas
│ ├── nuoD.aln.fas
│ ├── nuoF.aln.fas
│ ├── nuoH.aln.fas
│ ├── nuoI.aln.fas
│ ├── nuoJ.aln.fas
│ ├── nuoK.aln.fas
│ ├── nuoL.aln.fas
│ ├── nuoM.aln.fas
│ ├── nuoN.aln.fas
│ ├── nusA.aln.fas
│ ├── ompW_2~~~ompW_1.aln.fas
│ ├── otsA.aln.fas
│ ├── otsB.aln.fas
│ ├── outO.aln.fas
│ ├── pabB.aln.fas
│ ├── pdxJ.aln.fas
│ ├── pglF.aln.fas
│ ├── pheS.aln.fas
│ ├── pheT.aln.fas
│ ├── phnO.aln.fas
│ ├── phoP_3.aln.fas
│ ├── pnp~~~pnp_2.aln.fas
│ ├── poxB.aln.fas
│ ├── ppiB.aln.fas
│ ├── purC.aln.fas
│ ├── rbfA.aln.fas
│ ├── rcsC_12~~~rcsC_4~~~rcsC_16~~~rcsC_13.aln.fas
│ ├── recF~~~recF_3~~~recF_2.aln.fas
│ ├── recG.aln.fas
│ ├── rihA.aln.fas
│ ├── rimK.aln.fas
│ ├── rimP.aln.fas
│ ├── rlmN.aln.fas
│ ├── rluD.aln.fas
│ ├── rnpA.aln.fas
│ ├── rodZ.aln.fas
│ ├── rpe.aln.fas
│ ├── rplB.aln.fas
│ ├── rplC.aln.fas
│ ├── rplD.aln.fas
│ ├── rplE.aln.fas
│ ├── rplF.aln.fas
│ ├── rplI.aln.fas
│ ├── rplM.aln.fas
│ ├── rplN.aln.fas
│ ├── rplO.aln.fas
│ ├── rplP.aln.fas
│ ├── rplQ.aln.fas
│ ├── rplR.aln.fas
│ ├── rplT.aln.fas
│ ├── rplV.aln.fas
│ ├── rplW.aln.fas
│ ├── rplX.aln.fas
│ ├── rpmB.aln.fas
│ ├── rpmC.aln.fas
│ ├── rpmD.aln.fas
│ ├── rpmE2.aln.fas
│ ├── rpmF.aln.fas
│ ├── rpmG.aln.fas
│ ├── rpmH.aln.fas
│ ├── rpmI.aln.fas
│ ├── rpoA.aln.fas
│ ├── rpoZ.aln.fas
│ ├── rppH.aln.fas
│ ├── rpsA.aln.fas
│ ├── rpsC.aln.fas
│ ├── rpsD.aln.fas
│ ├── rpsE.aln.fas
│ ├── rpsF.aln.fas
│ ├── rpsH.aln.fas
│ ├── rpsI.aln.fas
│ ├── rpsJ.aln.fas
│ ├── rpsK.aln.fas
│ ├── rpsM.aln.fas
│ ├── rpsN.aln.fas
│ ├── rpsO.aln.fas
│ ├── rpsQ.aln.fas
│ ├── rpsR.aln.fas
│ ├── rpsS.aln.fas
│ ├── rpsU.aln.fas
│ ├── rsmH.aln.fas
│ ├── rssB_2~~~rcsC_16~~~rcsC_2~~~rcsC_15~~~rcsC_9.aln.fas
│ ├── sasA_10~~~sasA_15~~~sasA_5~~~sasA_20~~~sasA_3.aln.fas
│ ├── sasA_10~~~sasA_9~~~sasA_16~~~sasA_2.aln.fas
│ ├── sasA_6~~~sasA_8~~~sasA_10.aln.fas
│ ├── sasA_9~~~sasA_3~~~sasA_18.aln.fas
│ ├── secA.aln.fas
│ ├── secY.aln.fas
│ ├── smc~~~smc_1~~~smc_2.aln.fas
│ ├── speD.aln.fas
│ ├── spoT.aln.fas
│ ├── sthA.aln.fas
│ ├── sucC.aln.fas
│ ├── sucD.aln.fas
│ ├── tcrA.aln.fas
│ ├── tdh.aln.fas
│ ├── tesA.aln.fas
│ ├── thiE_2~~~thiE_1.aln.fas
│ ├── thiG.aln.fas
│ ├── thiS.aln.fas
│ ├── thrS.aln.fas
│ ├── tmk.aln.fas
│ ├── tolQ_2.aln.fas
│ ├── tpiA.aln.fas
│ ├── trmB.aln.fas
│ ├── trpC.aln.fas
│ ├── trpD.aln.fas
│ ├── trpE.aln.fas
│ ├── trpG.aln.fas
│ ├── truB.aln.fas
│ ├── tsaD.aln.fas
│ ├── typA.aln.fas
│ ├── uvrD.aln.fas
│ ├── vanX.aln.fas
│ ├── yceD.aln.fas
│ ├── yceF.aln.fas
│ ├── yegS.aln.fas
│ ├── yfiH.aln.fas
│ ├── yhdG_1~~~yhdG_4.aln.fas
│ ├── yidC.aln.fas
│ ├── ykgO.aln.fas
│ ├── yliI.aln.fas
│ ├── yqeY.aln.fas
│ ├── yrbG.aln.fas
│ └── zipA.aln.fas
├── alignment_entropy.csv
├── combined_DNA_CDS.fasta
├── combined_protein_cdhit_out.txt
├── combined_protein_cdhit_out.txt.clstr
├── combined_protein_CDS.fasta
├── core_alignment_filtered_header.embl
├── core_alignment_header.embl
├── core_gene_alignment.aln
├── core_gene_alignment_filtered.aln
├── final_graph.gml
├── gene_data.csv
├── gene_presence_absence.csv
├── gene_presence_absence_roary.csv
├── gene_presence_absence.Rtab
├── pan_genome_reference.fa
├── pre_filt_graph.gml
├── struct_presence_absence.Rtab
└── summary_statistics.txt
Example files:
summary_statistics.txt
Core genes (99% <= strains <= 100%) 292
Soft core genes (95% <= strains < 99%) 0
Shell genes (15% <= strains < 95%) 6100
Cloud genes (0% <= strains < 15%) 0
Total genes (0% <= strains <= 100%) 6392
core_gene_alignment.aln is the fasta file for downstream analyses.
-
- amrfinderplus
- bbduk
- blastn
- blobtools_*
- core_genome_evaluation
- circulocov
- datasets_*
- drprg
- elgato
- emmtyper
- fastani
- fastp
- fastqc
- heatcluster
- iqtree2
- kaptive
- kleborate
- kraken2
- mash_*
- mashtree
- mlst
- multiqc
- mykrobe
- panaroo
- pbptyper
- phytreeviz
- plasmidfinder
- prokka
- quast
- seqsero2
- serotypefinder
- shigatyper
- snp_dists
- spades