gdTCR-MOCCA

Distance approach

• Gridsearch mit Penalisierung (elasticnet)
• Cox-Regression
• Klassifikation von OS, PFS und responder vs. non-responder
• Consensus Sequenzen in UMAP anzeigen

k-mer approach

• Pipeline fertigstellen
• Shannon vs. Simpson index
• Ähnliche k-mers zusammenfassen: Reduziertes AS Alphabet, Partitoinierung im Graph, ...
• Konkatenieren von unterschiedlichen k-mer Längen
• Differenz der k-mer counts in BL-FU Paaren als Feature für Cox-Regression

Insgesamt die Analysen auch für delta2-negativen Datensatz ausprobieren.

Literatur

Graph Adjacency Matrix

MART-1 Sequenzen Paper

MART-1 Supplementary

Spectral Clusterin I, Spectral Clustering II, Luxburg - Spectral Clustering Tutorial, Spectral Clusterin III

gdT coeliac disease k-mer paper

Simpson vs. Shannon)