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@JiangLiNSCC
JiangLiNSCC committed Jun 7, 2016
1 parent fbcbcf7 commit f72a520
Showing 1 changed file with 63 additions and 11 deletions.
74 changes: 63 additions & 11 deletions Manual.MD
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -74,22 +74,36 @@ Step 2：使用终端工具连接，通过使用系统管理员提供的Private
### 1.2.1 Xshell（Xmanager-XShell）登录

打开XShell，点击工具栏的“新建”选项。在“连接”的“常规”里，“协议”选择SSH，然后在“主机”处填写系统IP。

![1.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/1.JPG)

在“用户身份验证”这里，“方法”选择Public Key，然后点击“浏览”选择得到的Private Key文件，然后点击“确定”即可登录。

![2.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/2.JPG)

###1.2.2 PUTTY登录

用PUTTY登录首先需要转换Private Key文件。打开PUTTY的安装路径，运行PUTTYGEN.EXE程序进行Private Key文件转换。

![3.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/3.JPG)

点击“Load”载入Private Key文件，点击“Save private key”保存转换后的Key文件。

![4.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/4.JPG)


![5.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/5.JPG)
运行PUTTY.EXE，选择“Session”。在“Host Name”处填写系统IP，“Port”处填写“22”。

![6.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/6.JPG)

选择“Connection”->“SSH”->“Auth”，然后点击“Private key file for authentication”处的“Browse” 选择转换后的Private Key文件，然后点击“Open”打开登录界面。

![7.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/7.JPG)

在登录界面里输入系统账号，回车即可登录。

![8.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/8.JPG)

###1.2.3 Linux或苹果系统登录

如果是Linux或者苹果系统，首先需要给Private Key文件设置权限，命令如下：
Expand Down Expand Up @@ -122,6 +136,8 @@ Linux系统：`sudo vi /etc/ssh/ssh_config`
### 2.1 文件系统

天河二号高性能计算平台文件系统被分为/HOME和/WORK两个区。

![9.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/9.JPG)

### 2.1.1 /HOME分区

Expand All @@ -139,18 +155,24 @@ Linux系统：`sudo vi /etc/ssh/ssh_config`

FileZilla的登录步骤见下图：

![10.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/10.JPG)

![11.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/11.JPG)

![12.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/12.JPG)




![13.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/13.JPG)

![14.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/14.JPG)

注意：密钥所在路径不能含有中文。

###2.2.2 WinSCP登录

WinSCP的登录步骤见下图：


![15.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/15.JPG)
![16.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/16.JPG)

注意：

Expand All @@ -172,13 +194,20 @@ module 通过配置modulefile支持环境变量的动态修改，能够控制软
已经在登录服务结点上配置好module 工具，主要用法如下：

module avail：查看可用的模块的列表。

![17.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/17.JPG)

module load [modulesfile]：能够加载需要使用的modulefiles。

使用module 加载软件（OpenFOAM/2.2.2） 的配置环境。


![18.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/18.JPG)

![19.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/19.JPG)

module其它用法，可在help中查询。


![20.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/20.JPG)

## 4 编译器

Expand Down Expand Up @@ -235,12 +264,16 @@ module load intel-compilers/13.0.0
### 5.1 结点状态查看yhinfo或yhi

yhi为yhinfo命令的简写，用户用其查看结点状态。

![21.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/21.JPG)

其中PARTITION表示分区，NODES表示结点数，NODELIST为结点列表，STATE表示结点运行状态。其中，idle表示结点处于空闲状态，allocated表示结点已经分配了一个或多个作业。

### 5.2 作业状态信息查看yhqueue或yhq

yhq为yhueue命令的简写，用户用其查看作业运行情况。

![22.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/22.JPG)

其中JOBID 表示任务ID，Name表示任务名称，USER为用户，TIME为已运行时间，NODES表示占用结点数，NODELIST为任务运行的结点列表。

Expand Down Expand Up @@ -287,13 +320,21 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个：
#### 5.3.3 使用示例

1）在分区MIC 上指定任务数运行hostname：


![23.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/23.JPG)

2）在分区MIC，结点cn[145-147]上运行hostname：

![24.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/24.JPG)

3）在MIC分区，运行4 任务的hostname，每个结点一个任务，分配的结点中至少包含结点cn[145-147]：

![25.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/25.JPG)

4）在MIC分区，运行4 任务的hostname，每个结点一个任务，分配的结点中不包含结点cn[145-147]：


![26.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/26.JPG)

### 5.4 批处理作业yhbatch
#### 5.4.1 简介

Expand All @@ -304,6 +345,8 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个：
#### 5.4.2 使用示例
例如用户的脚本名为mybash.sh，内容如下：

![27.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/27.JPG)

根据该脚本用户提交批处理作业，需要明确申请的资源为MIC分区的4个结点。

注意：需给该文本文件设置mybash.sh可执行权限，利用命令：chmod +x mybash.sh
Expand All @@ -326,11 +369,16 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个：
yhalloc提交方式如下：

首先申请资源，执行如下命令：

`
yhalloc -N 1
`

通过yhq查看相应的jobID 为391753，结点为cn1483.


![31.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/31.JPG)
用户可以选择如下方式：

![32.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/32.JPG)
切换到cn1483结点，之后执行程序。

### 5.6 任务取消yhcancel
Expand All @@ -347,12 +395,16 @@ jobid可通过yhq获得。对于排队作业，取消作业将简单地把作业

重要提示：


1. 请不要在登录结点直接运行可执行程序（极大的影响其他用户的登录和使用效率）。
2. 如无特殊需要，请使用批处理方式（yhbatch）提交任务，如果有任何问题请联系超算中心技术人员。
3. 请保存好运行程序的log文件，从而方便超算中心技术人员在作业出问题后，协助解决问题。
4. 若需登录计算结点运行程序，需要先分配计算结点，方可登录。
5. 除了可看见work分区的用户，其他用户都需在提交命令中加入参数选项“-p 分区名”，即提交命令应为“yhurn -p 分区名 ...”或者“yhbatch -p 分区名”。同时，推荐用户使用yhbatch方式提交作业。分区名请通过yhi命令查看获得，其中PARTITION一栏对应的就是分区，如下图所示。


![33.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/33.JPG)


## 6 常见上机问题（FAQ）

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