Overview and use of LimeSeg
- CTRL + T abre el ROI manager
- Seleccionar la herramienta de elipse, dibujar la semilla y pulsar T para añadir.
- Plugins -> Limeseg -> Sphere Seg para segmentar.
- NO cerrar ninguna ventana.
- Hay que esperar a que 3D deje de moverse o pararlo automáticamente.
Si las semillas están bien elegidas pero necesitamos modificar los parámetros de segmentación.
- Plugins → LimeSeg → ClearAll
Y procedemos a segmentar de nuevo
- Plugins → LimeSeg → Sphere Seg
En este caso no guardamos las semillas.
- Roi Manager → Delete
- Plugins → Limeseg → Clear All
Podemos añadir o eliminar seeds manteniendo las anteriores. Lo ideal es ir añadiendo semillas poco a poco e ir probando qué configuración es la mejor.
- LimeSeg → Clear All
- Roi Manager → Add/Delete Seeds
- LimeSeg → Sphere Seg
LimeSeg nos permite guardar las células que hemos segmentado en formato ply, donde habrá una carpeta por cada célula. Hay que tener cuidado porque se obreescribe lo anterior.
- LimeSeg → Show GUI
- Write To : Seleccionar Carpeta
- Save State To XMLPLY
- Z scale: is the physical ratio of the spacing between slices (Z spacing) and between pixels (X or Y spacing). So, if the pixel, either width or height, is (e.g) 0.6 and the voxel depth is (e.g) 2.5, you'd have to divide 2.5/0.6 ~= 4.
Al ejecutar Sphere Seg, si una célula tiene Number of Surefels = 0 y Centers = NaN debemos poner de nuevo la semilla. El error puede solventarse haciendo la elipse más grande.
Como LimeSeg va a exportar cada célula que segmentemos por separado, en caso de que tengamos problema con una o varias células de la imagen podemos actuar de la siguiente manera:
- Segmentar el conjunto completo de la forma con menos errores posible.
- Anotar qué células no se han segmentado correctamente.
- Hacer una nueva segmentación de esas células por separado con los parámetros específicos para ellas.
- Exportar los resultados y sustituirlos en el conjunto de células bien segmentadas que hemos obtenido en el primer paso.
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