dataset

[King-king424]

对于BTCV数据集，raw data中有training有83个nii.gz 文件, testing 有73个nii.gz文件，不知道是否正确？

[King-king424]

还有预处理之后保存的png图片都是全黑的，这是正常的吗？

[lin-tianyu]

对于BTCV数据集，raw data中有training有83个nii.gz 文件, testing 有73个nii.gz文件，不知道是否正确？

不是这些数据。
你需要先在synapse.org注册一个账号，然后加入这个challenge。
这样就可以在“Files”栏目下看到“Abdomen”文件夹。
BTCV数据集请下载Abdomen/RawData.zip。

[King-king424]

对于BTCV数据集，raw data中有training有83个nii.gz 文件, testing 有73个nii.gz文件，不知道是否正确？

不是这些数据。 你需要先在synapse.org注册一个账号，然后加入这个challenge。 这样就可以在“Files”栏目下看到“Abdomen”文件夹。 BTCV数据集请下载Abdomen/RawData.zip。

那预处理之后保存的png图片都是全黑的，这是正常的吗？

[lin-tianyu]

是的，请仔细看代码。
png图片中的每个像素的值代表类别编号，最大也只有十几，视觉上当然是全黑的。

[JacksonWang]

你好, 我對你這個專案也很有興趣. 但我想拿來用在arcade 的心血管資料作訓練. 我目前是用yolo segment 的方式作業, 不知道如果要導入你的方案, 我該要如何開始?

[lin-tianyu]

@JacksonWang 谢谢你的兴趣，不过我没太理解你的情况。可以麻烦你详细说明一下“用yolo segment的方式作业”是什么意思吗？

[JacksonWang]

你好, 我目前是使用yolov9 作segment (SAM)方面的模型訓練, 但是出來的成果並不是那麼好, 我想把你的專案的程序導入我用yolov9 的方案裡, 先用你的方案訓練後的成果把arcade 圖像的資料確認, 再用yolov9 作目標偵測. 但我不知道我該要如何把arcade 資料集的格式(目前有json 及yolo 二種格式)轉換成你的專案格式, 不知道這部份可以有什麼方式可以作?

[lin-tianyu]

@JacksonWang 你好，根据你提供的信息，我的理解如下：

1. 你提到的arcade数据集是这个对吧：https://arcade.grand-challenge.org/ 我看了一下对应的论文，原论文提出一个“使用YOLOv8先进行目标检测区分出各段血管，再使用其segmentation head进行分割”的两阶段方案。
2. 你是希望用YOLOv9来替换原论文方法中的v8，然后用我的模型（SDSeg）训练后生成的分割结果来训练YOLOv9，是这个意思对吗？
3. 我不太清楚arcade数据集给出的标签转换成yolo格式后，是只有目标检测框（bbox）还是同时包括了像素级分割标签。（抱歉我对YOLO系列模型和arcade数据集不是非常熟悉：）

如果我的上述理解是正确的，那么：

1. 如果数据集的yolo标签中包含了像素级分割标签，那么你需要编写脚本将其转换成jpg/png等图片格式进行储存（对应的心血管图像你可以自行编写torch.utils.dataDataset来读取，或者也转换成图片格式）。
   其中，背景像素的值为0，前景像素的值为1（而不是255）。
   图像和分割标签处理完成后在SDSeg项目中的储存位置可以在README中的“Dataset Settings”和“Important Files and Folders to Focus on”中找到。

PS：你或许可以参照本项目中所使用的CVC-ClinicDB数据集的相关代码来进行设置，因为这个数据集的图像和对应的分割标签也都是图片格式（*.tiff和*.png格式）

2. 如果数据集的标签中仅包含了bbox标签，那么SDSeg可能无能为力。

[JacksonWang]

非常感謝你, 在我這語意不清的情況下還能知道我需要的是什麼. 你說的1與2都對, 3的部份, 原資料集已經提供了json 格式且像素級分割標籤, 我自己也寫了其它程式, 轉成yolo 的格式(非bbox而己)再去作yolov9 segment 的訓練. 這部份已經有成功經驗了. 所以你文中提到的 "数据集的yolo标签中包含了像素级分割标签，那么你需要编写脚本将其转换成jpg/png等图片格式进行储存（对应的心血管图像你可以自行编写torch.utils.dataDataset来读取，或者也转换成图片格式）", 我理解成, 我可以從你的專案中, 參照你的作法, 去修改我的資料集, 再拿去作SDSeg的模型訓練. 我的理解對嗎?
再次感謝你的回覆及提示!

[lin-tianyu]

我可以從你的專案中, 參照你的作法, 去修改我的資料集, 再拿去作SDSeg的模型訓練. 我的理解對嗎?

是的，你的理解是对的👍 以我自己的经验来说，当我们想使用别人的代码库运行新的数据集时几乎都应该这么做：模仿代码库中处理数据集的方式来加入自己的数据集。（这样最不容易出现bug，修改起来成本也较低）