diff --git a/lusSTR/tests/data/kinsnps/Kin_pos_1ng_snpsetscombined_evidence.tsv b/lusSTR/tests/data/kinsnps/Kin_pos_1ng_snpsetscombined_evidence.tsv index b8b800f..8431ae6 100644 --- a/lusSTR/tests/data/kinsnps/Kin_pos_1ng_snpsetscombined_evidence.tsv +++ b/lusSTR/tests/data/kinsnps/Kin_pos_1ng_snpsetscombined_evidence.tsv @@ -1,9237 +1,9237 @@ Sample.Name Marker Allele.1 Allele.2 Height.1 Height.2 Total_Reads -Kin_pos_1ng_set1 rs10740993 2 21.0 21.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs1878173 1 21.0 21.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs2961285 2 21.0 21.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs3806536 4 21.0 21.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs5761940 3 21.0 21.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs1012131 3 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10403312 3 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10781322 3 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10803369 1 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10804486 4 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10828037 4 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10830888 2 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10837853 1 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 rs10839548 2 22.0 22.0 -Kin_pos_1ng_set1 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rs9999662 A 2491.0 diff --git a/lusSTR/tests/test_snps.py b/lusSTR/tests/test_snps.py index 3f0c7e8..6331b3a 100644 --- a/lusSTR/tests/test_snps.py +++ b/lusSTR/tests/test_snps.py @@ -169,10 +169,10 @@ def test_kintelligence(output, filtering, tmp_path): def test_kintelligence_all(tmp_path): inputdb = data_file("kinsnps/") - evid_exp_output = data_file("kinsnps/evidence.csv") - ref_exp_output = data_file("kinsnps/reference.csv") - evid_obs_output = f"{str(tmp_path)}/kin_snp_evidence.csv" - ref_obs_output = f"{str(tmp_path)}/kin_snp_reference.csv" + evid_exp_output = data_file("kinsnps/evidence.tsv") + ref_exp_output = data_file("kinsnps/reference.tsv") + evid_obs_output = f"{str(tmp_path)}/kin_snp_evidence.tsv" + ref_obs_output = f"{str(tmp_path)}/kin_snp_reference.tsv" arglist = [ "config", "-w", @@ -195,8 +195,8 @@ def test_kintelligence_all(tmp_path): def test_multiple_reference_profiles(tmp_path): inputdb = data_file("kinsnps/") - exp_out = data_file("kinsnps/multiplerefs.csv") - obs_out = str(tmp_path / "kin_snp_reference.csv") + exp_out = data_file("kinsnps/multiplerefs.tsv") + obs_out = str(tmp_path / "kin_snp_reference.tsv") arglist = [ "config", "-w", @@ -243,8 +243,8 @@ def test_snp_bins(tmp_path): def test_uas_version5(tmp_path): input_sample = data_file("NA24385 Sample Report 2023_09_07_15_11_11.xlsx") - exp_out = data_file("kinsnps/uasversion_snp_evidence.csv") - obs_out = str(tmp_path / "kin_v5_snp_evidence.csv") + exp_out = data_file("kinsnps/uasversion_snp_evidence.tsv") + obs_out = str(tmp_path / "kin_v5_snp_evidence.tsv") arglist = [ "config", "-w",