From f72a520a36b5ec0ce5152f6e27d0549986949440 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Jiang Li Date: Tue, 7 Jun 2016 15:30:46 +0800 Subject: [PATCH] Update Manual.MD --- Manual.MD | 74 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++--------- 1 file changed, 63 insertions(+), 11 deletions(-) diff --git a/Manual.MD b/Manual.MD index 13fcd23..45b5ef8 100644 --- a/Manual.MD +++ b/Manual.MD @@ -74,22 +74,36 @@ Step 2：使用终端工具连接，通过使用系统管理员提供的Private ### 1.2.1 Xshell（Xmanager-XShell）登录 打开XShell，点击工具栏的“新建”选项。在“连接”的“常规”里，“协议”选择SSH，然后在“主机”处填写系统IP。 + +![1.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/1.JPG) 在“用户身份验证”这里，“方法”选择Public Key，然后点击“浏览”选择得到的Private Key文件，然后点击“确定”即可登录。 + +![2.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/2.JPG) ###1.2.2 PUTTY登录 用PUTTY登录首先需要转换Private Key文件。打开PUTTY的安装路径，运行PUTTYGEN.EXE程序进行Private Key文件转换。 + +![3.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/3.JPG) 点击“Load”载入Private Key文件，点击“Save private key”保存转换后的Key文件。 + +![4.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/4.JPG) - +![5.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/5.JPG) 运行PUTTY.EXE，选择“Session”。在“Host Name”处填写系统IP，“Port”处填写“22”。 +![6.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/6.JPG) + 选择“Connection”->“SSH”->“Auth”，然后点击“Private key file for authentication”处的“Browse” 选择转换后的Private Key文件，然后点击“Open”打开登录界面。 + +![7.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/7.JPG) 在登录界面里输入系统账号，回车即可登录。 +![8.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/8.JPG) + ###1.2.3 Linux或苹果系统登录 如果是Linux或者苹果系统，首先需要给Private Key文件设置权限，命令如下： @@ -122,6 +136,8 @@ Linux系统：`sudo vi /etc/ssh/ssh_config` ### 2.1 文件系统 天河二号高性能计算平台文件系统被分为/HOME和/WORK两个区。 + +![9.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/9.JPG) ### 2.1.1 /HOME分区 @@ -139,18 +155,24 @@ Linux系统：`sudo vi /etc/ssh/ssh_config` FileZilla的登录步骤见下图： +![10.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/10.JPG) +![11.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/11.JPG) +![12.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/12.JPG) - - - +![13.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/13.JPG) + +![14.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/14.JPG) + 注意：密钥所在路径不能含有中文。 ###2.2.2 WinSCP登录 WinSCP的登录步骤见下图： - + +![15.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/15.JPG) +![16.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/16.JPG) 注意： @@ -172,13 +194,20 @@ module 通过配置modulefile支持环境变量的动态修改，能够控制软 已经在登录服务结点上配置好module 工具，主要用法如下： module avail：查看可用的模块的列表。 + +![17.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/17.JPG) module load [modulesfile]：能够加载需要使用的modulefiles。 使用module 加载软件（OpenFOAM/2.2.2） 的配置环境。 - + +![18.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/18.JPG) + +![19.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/19.JPG) + module其它用法，可在help中查询。 - + +![20.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/20.JPG) ## 4 编译器 @@ -235,12 +264,16 @@ module load intel-compilers/13.0.0 ### 5.1 结点状态查看yhinfo或yhi yhi为yhinfo命令的简写，用户用其查看结点状态。 + +![21.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/21.JPG) 其中PARTITION表示分区，NODES表示结点数，NODELIST为结点列表，STATE表示结点运行状态。其中，idle表示结点处于空闲状态，allocated表示结点已经分配了一个或多个作业。 ### 5.2 作业状态信息查看yhqueue或yhq yhq为yhueue命令的简写，用户用其查看作业运行情况。 + +![22.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/22.JPG) 其中JOBID 表示任务ID，Name表示任务名称，USER为用户，TIME为已运行时间，NODES表示占用结点数，NODELIST为任务运行的结点列表。 @@ -287,13 +320,21 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个： #### 5.3.3 使用示例 1）在分区MIC 上指定任务数运行hostname： - + +![23.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/23.JPG) + 2）在分区MIC，结点cn[145-147]上运行hostname： +![24.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/24.JPG) + 3）在MIC分区，运行4 任务的hostname，每个结点一个任务，分配的结点中至少包含结点cn[145-147]： +![25.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/25.JPG) + 4）在MIC分区，运行4 任务的hostname，每个结点一个任务，分配的结点中不包含结点cn[145-147]： - + +![26.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/26.JPG) + ### 5.4 批处理作业yhbatch #### 5.4.1 简介 @@ -304,6 +345,8 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个： #### 5.4.2 使用示例 例如用户的脚本名为mybash.sh，内容如下： +![27.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/27.JPG) + 根据该脚本用户提交批处理作业，需要明确申请的资源为MIC分区的4个结点。 注意：需给该文本文件设置mybash.sh可执行权限，利用命令：chmod +x mybash.sh @@ -326,11 +369,16 @@ yhrun包括多个选项，其中最常用的选项主要有以下几个： yhalloc提交方式如下： 首先申请资源，执行如下命令： + +` +yhalloc -N 1 +` 通过yhq查看相应的jobID 为391753，结点为cn1483. - + +![31.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/31.JPG) 用户可以选择如下方式： - + ![32.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/32.JPG) 切换到cn1483结点，之后执行程序。 ### 5.6 任务取消yhcancel @@ -347,12 +395,16 @@ jobid可通过yhq获得。对于排队作业，取消作业将简单地把作业 重要提示： + 1. 请不要在登录结点直接运行可执行程序（极大的影响其他用户的登录和使用效率）。 2. 如无特殊需要，请使用批处理方式（yhbatch）提交任务，如果有任何问题请联系超算中心技术人员。 3. 请保存好运行程序的log文件，从而方便超算中心技术人员在作业出问题后，协助解决问题。 4. 若需登录计算结点运行程序，需要先分配计算结点，方可登录。 5. 除了可看见work分区的用户，其他用户都需在提交命令中加入参数选项“-p 分区名”，即提交命令应为“yhurn -p 分区名 ...”或者“yhbatch -p 分区名”。同时，推荐用户使用yhbatch方式提交作业。分区名请通过yhi命令查看获得，其中PARTITION一栏对应的就是分区，如下图所示。 + +![33.JPG](http://o8e06sulr.bkt.clouddn.com/33.JPG) + ## 6 常见上机问题（FAQ）